Universitetet

Elias Fries innehade sedan tjänster som docent och adjunkt i Lund. Där skapade han ett system för de högre svamparna (Hymenomyceterna) där hattsvamparna återfinns, buksvamparna (Gasteromyceterna) med röksvampar, liksom många olika lägre svampgrupper. Trots vissa oriktigheter utgjorde hans arbete ett första viktigt steg in systematiseringen av svampar. Hans arbete utmynnade i flera mindre publikationer. Han studerade även alger och lavar, och redovisade det bland annat i "Lichenes Sueciæ exsiccati".

Efter tiden i Lund tillträdde Elias Fries 1834 en nyinrättad professur i praktisk ekonomi, dvs natur-vetenskap, vid Uppsala universitet. Han var även rektor vid detta universitet 1839 och 1853-1854. . Han är framför allt känd för sitt växtsystematiska arbete rörande svampar, Systema mycologicum(tre delar, 1821–1832), och räknas som en av den moderna mykologins grundläggare.

Elias innehade olika professurer fram till 1859, men bedrev därefter sitt vetenskapliga arbete.

 Riksdagen

Elias Fries var även riksdagsman och representerade Uppsala universitet vid riksdagarna 1844-45 och 1847-48 med stämma och säte i Prästeståndet. (Läs vidare under rubriken Riksdagsprotokollen.)

Akademien

Vid Uppsala universitet blev hans botaniska arbetsfält brett. Han gav inte bara ut mykologiska arbeten utan även till exempel en skandinavisk växtförteckning "Summa vegetabilium Scandinviæ", och ett allmänt inriktat botaniskt verk med litterära inslag, "Botaniska utflygter" (1-3, 1843-64). Detta bidrog säkert till att Elias Fries år 1847 valdes in i Svenska Akademien. Elias Fries hade stol nummer 14 som han tog över efter Erik Gustaf Geijer.

Andra uppdrag

Utöver detta var Elias Fries styrelseledamot för Ultuna lantbruksinstitut 1846–1859 samt ledamot i en kommitté för utarbetandet av nya universitetsstatuter.

Under sin tid i Uppsala var Fries inspektor vid Smålands nation och prefekt för den botaniska trädgården och museet i Uppsala.