Elias Fries föddes den 15 augusti 1794 som enda barnet i prästgården i Femsjö, en ganska ensligt belägen kyrkby i västra Småland nära Hallands-gränsen. Han växte upp i sekelskiftet mellan 17- och 1800-talen och eftersom det fanns få jämnåriga barn i trakten blev han först skolad av sin far, den botaniskt intresserade prosten Thore Fries - och undervisningen skedde på latin, ett språk som till och med ibland användes i hemmet till vardags. Först 1803, 9 år gammal, skrevs Elias in i Växjö läroverk. Redan i Femsjö blev hans stora naturintresse uppenbart. Han skrev tidigt vetenskapligt intressanta dagböcker och redan som gymnasist gav han ut systematiska växtförteckningar och floror, bland annat "Flora Femsionensis". Även om Elias tidigt författade floror och allmänbotaniska skrifter, kom svamparna att redan från början bli den växtgrupp som fascinerade honom mest. Orsaken till att det blev just svampar kan ha varit att markerna i Femsjötrakten var mycket svamprik, medan artrikedomen bland högre växter inte var så stor.

Efter skolan i Växjö fick Elias möjlighet att studera i Lund. Detta var år 1811, och redan 1814 disputerade han där. Han innehade sedan tjänster som docent och adjunkt till 1834, då han erhöll en professur i Uppsala. Under sin tid i Lund skapade Elias ett system för de högre svamparna (Hymenomyceterna) där hattsvamparna återfinns, buksvamparna (Gasteromyceterna) med röksvampar, liksom många olika lägre svampgrupper. Trots vissa oriktigheter utgjorde hans arbete ett första viktigt steg in systematiseringen av svamparna. Hans arbete utmynnade i flera mindre publikationer samt i det omfattande verket "Systema mycologicum" (1821-1832). Han studerade även alger och lavar, och redovisade det bland annat i "Lichenes Sueciæ exsiccati".